शान्तनु मुखर्जी 1973 में एक पीपीएस अधिकारी के रूप में यूपी पुलिस में शामिल हुए और एक आईजी के रूप में सेवानिवृत्त हुए। उन्होंने भारतीय पुलिस सेवा (आईपीएस) में कई महत्वपूर्ण पदों पर अपनी सेवाएं दी हैं। उन्होंने रॉ (रिसर्च एंड एनालिसिस विंग) में बतौर आईजी काम किया, जहां उनकी सेवाओं को विशेष सम्मान मिला।