अल्पसंख्यक शिक्षण संस्थानों में प्रवेश के नियम सामान्य संस्थानों से भिन्न होते हैं। इसके लिए दिशा-निर्देश बने हुए हैं, जिसके मुताबिक इन संस्थानों में प्रवेश केवल सक्षम प्राधिकारी द्वारा आयोजित कॉमन एंट्रेंस टेस्ट (CET) के आधार पर मेरिट सूची के अनुसार किया जाएगा